Yamada Tsuyoshi, 23 ans, employé brimé par ses collègues de bureau, est un otaku, un vrai ! Son quartier de prédilection ? Akihabara bien sûr. Animes, collection de figurines, maid café, jeux vidéo... bref, activités quotidiennes d'un otaku. Caractéristiques ? grosses lunettes, coupe des seventies, et fringues de geek. Expériences avec les femmes ? Aucune (même sa soeur le rejette).

Comme tous les jours ou presque, Yamada revient du shopping à Akihabara et prend le métro. Alors qu'il regarde devant lui, il ne peut s'empêcher de détourner son regard d'une fille extremement belle assise en face de lui. Mais la quiétude des passagers est interrompue par un vieux soûlard qui commence à déranger tout le monde, puis, ayant lui aussi remarqué la jolie passagère, commence à la provoquer, la tripoter et à faire des propositions indécentes sans que personne n'ose bouger...

Notre pauvre otaku, terrifié, gringalet qu'il est, prend alors son courage à deux mains et se décide à intervenir. Malheureusement, il se prend une belle mandale qui le fout à terre, tandis qu'un salaryman vient finalement maitriser le vieux croûton, tel le héros de ces dames.

Néanmoins, le geste de Yamada a touché la jeune fille, qui insiste pour avoir son adresse afin de le remercier.

Rentré chez lui, Yamada allume son PC, et se branche sur le forum "Aladdin Channel", un forum pour célibataires. Il commence alors à poster ses aventures. C'est à partir de là que sa vie va commencer à basculer; Porté par toute la communauté du forum, notre héros, désormais surnommé Densha otoko -l'homme du train- va apprendre comment s'y prendre avec la jolie Hermès-san (son surnom dans le forum), tout faire pour devenir meilleur et plus attirant, et enfin prendre confiance en lui.